在影视作品《我与尼特女忍者的莫名同居生活 EX》中，故事围绕着一位普通男生和一位神秘的忍者女孩展开。女孩拥有神秘力量，来自异世界，两人因意外相遇而开始了同居生活。在这段搞笑而又充满神秘冒险的生活中，两人经历了种种奇遇和战斗，女孩展示了令人惊叹的忍术技能。与此同时，他们之间的关系也逐渐加深，原来他们竟是青梅竹马。然而，随着故事的发展，他们也逐渐发现了一个神秘组织的存在，这个组织的目的究竟是什么？他们又会如何应对？忍者女孩日常生活中的种种秘密将逐渐揭开，引发了观众无限的好奇和期待。