柯南与小五郎、小兰及侦探团成员来到京都，登上自卫队的宙斯盾战舰，体验海上作战的刺激。然而，快乐氛围被突然发现的断臂打破，随之而来的是自卫队员神秘失踪的连环谜团。柯南发现战舰上隐藏着间谍X，危机四伏。为了揪出对手，柯南与灰原、阿笠博士、服部平次以及远山和叶紧密合作，展开一场惊心动魄的智斗。最终，在船上谋杀案解决之际，柯南等人成功揪出间谍X，为保卫战舰上的绝密情报而奋勇斗争。这一次，柯南将面临前所未有的考验，他能否在这场生死较量中胜出呢？就让我们拭目以待，一切将在《名侦探柯南：远海的侦探》中揭晓。