在蓝玲市，一场前所未有的危机正席卷而来。恶势力食品企业汉堡军团肆虐街头，给市民们带来巨大困扰。而迷你特工队却陷入内讧，队长福乐因为意外成为汉堡店的超级模特，难以兼顾队伍使命，与队友小米发生激烈争执，最终离开队伍独自面对危机。汉堡店老板金先生则暗中挑拨福乐与队友关系。在福乐悔悟重返队伍后，迷你特工队重新团结一致，合力击败汉堡怪物队长。然而，他们意识到背后真正的黑手才刚刚显露出端倪。特工对抗恶势力食品企业的壮烈战斗即将展开，这就是《迷你特工队之汉堡大作战》的故事。