名侦探柯南：绀碧之棺，柯南和小五郎带领团队来到太平洋中的神海岛度假。岛上传说着古代遗迹“海底宫殿”和两名女海盗留下的宝藏。小兰和园子在潜水时遇到寻宝者，却发生了一场意外。柯南决定揭开背后的谜团，猎人的死与宝藏传说有着千丝万缕的联系。在探寻过程中，柯南发现了“Jolly Roger”这一神秘名词，但猎人突然出现，偷走了宝藏，并将小兰和园子困在险境中。柯南决心解开隐藏在传说中的讯息，揭开“海底宫殿”的秘密。穿越300年时光，他必须解密暗号，揭开真相，面对重重危机。侦探故事谜团破解神秘组织失踪案件寻找真相隐藏身份推理推断危机四伏。