《名侦探柯南：世纪末的魔术师》讲述了小兰的朋友原子家铃木财团即将展出沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵。这颗宝物里珍藏着沙皇一家的珍贵照片，价值连城。然而，在展出前，怪盗基德却发出盗宝通知函，谜语暗示他的盗窃时间。原子求助于小兰的父亲名侦探毛利小五郎，柯南也加入调查行列。柯南与侦探服部平次相遇，二人决定合作，揭开怪盗基德的谜题。这部柯南解谜推理故事将带领观众一同揭开神秘面纱，一起体验紧张刺激的推理之旅！