名侦探柯南：战栗的乐谱，故事围绕着音乐学院谋杀案展开。著名钢琴演奏家堂本一辉突然转向管风琴演奏，建造堂本音乐厅准备举办演奏会，但学生相继离奇死去。园子带着柯南一行人来听排练，结识了具有绝对音感的女高音歌唱家秋庭怜子。然而，秋庭也开始遭遇危险，被下药、遭遇枪击、甚至被击晕。柯南通过一系列事件推理出凶手试图排除秋庭的可能。在演奏会进行时，音乐厅外发生爆炸，观众们陷入危险境地。柯南凭借绝对音感找到了爆炸的线索，最终在紧要关头揪出了罪犯。音乐学院谋杀案谱写了一个谜团，解密音符的故事充满了神秘乐谱隐藏的秘密。这场音符解谜的音乐会推理歌谱令人热血沸腾。